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MATITK:
MATLAB與ITK的擴展

 

 MATITK - 從 MATLAB ITK的訪問

文森特楚,加桑Hamarneh

西門菲沙大學,不列顛哥倫比亞省,加拿大。


本文件只包括使用的MATITK。 如需更多資訊有關MATITK項目,請訪問官方SFU的項目頁

用法

若要使用包裝,MATLAB的必須能夠找到matitk.dll * 。 這通常意味著當前工作目錄的MATLAB應設置的位置matitk.dll。 複製 matitk.dll到所需位置,啟動 MATLAB和MATLAB的搜索路徑設置或改變當前目錄到該 DLL的位置。

有關幫助信息,鍵入matitk ('?')在MATLAB的命令窗口。

要列出濾波,分割和登記辦法實施MATITK,鍵入matitk(f的),matitk('s'的)matitk(為'r') **分別。 操作碼列出用於調用 MATITK方法。

*假設 MATITK正在運行在Windows平台。 這可以。so文件正在運行時 MATITK在Linux機器上。

**另外,matitk?,matitk樓matitk smatitk R可以輸入代替。

在MATLAB中,呼籲 MATITK方法一般會採取以下格式:

matitk(operationName,[參數],[inputArray1],[inputArray2],[種子(s)陣列],[圖片(s)間距])

圖例:

  • 第一個參數matitk,operationName,指定操作碼的實施ITK的方法被調用。
  • matitk的第二個參數, 參數 ,指定所需參數的ITK的方法將被調用(指定operationName)。 為了找出什麼參數都需要一個特定的方法,類型matitk(operationName);
  • 第三個和第四個參數matitk,inputArray1inputArray2,指定輸入圖像的音量。 他們必須是三維及包含雙,浮法,無符號字符或符號整數數據類型的元素。 在的情況下第二個影像量並不需要被調用的方法,提供[]作為第四個參數。
  • 第五個參數seedsArray參數指定種子點(在MATLAB的坐標系)按下列順序:[× 1,Ÿ 1和Z 1,× 2,Y 2的和Z 2,...,x n的, 否和Z n] 。 因為它是三維的,有多少元素應該是一個多seedsArray三。 在播種的情況下並不需要被調用的方法,提供[]作為第五個參數。
  • 最後一個可選參數指定間距提供的圖片體積。 其性能一定ITK的方法可能會受到的間距。 如果這個參數被省略,各向同性間距[1,1,1]是假定的。

範例

為了演示功能的MATITK,我們首先加載示例內置 3D腦 MRI圖像從 MATLAB。 加載的圖像將自動存儲在變量 D。

>>負荷磁共振成像;

>> Ð =擠壓(D)部分;

我們可以用下面的命令來形象化軸向腦片(圖 1):

插曲(131); imagesc(擠(丁(:,:,輪(完/ 2 ))));軸形象;顏色表灰色

插曲(132); imagesc(擠(D類(:,圓(完/ 2 ),:)));顏色表灰色

插曲(133); imagesc(擠(D類(圓(完/ 2 ),:,:)));顏色表灰色

集(GCF的,'位置',[364 628 743 320])

圖 1:(左到右)想像一個軸,矢狀和冠狀腦片的樣品圖像四

數據類型加載的圖像是unsigned char。 因此,我們希望使用雙數據類型版本MATITK,我們首先轉換的輸入使用雙(丁)。matitk(f的)調用顯示列表執行的過濾方法及相應的操作碼。

邊境禁區是操作碼為CurvatureAnisotropicDiffusionImageFilter

數據類型加載的圖像是unsigned char。 因此,我們希望使用雙數據類型版本MATITK,我們首先轉換的輸入使用雙(丁)。matitk(f的)調用顯示列表執行的過濾方法及相應的操作碼。

邊境禁區是操作碼為CurvatureAnisotropicDiffusionImageFilter。matitk('禁區')可以用來列出需要使用的參數

CurvatureAnisotropicDiffusionImageFilter(即numberOfIterations,時間步長和電 ​​導)。 對於這個例子中,我們選擇了我們的論點是5,分別為 0.0625和3個這樣的順序,並提供參數作為一個數組:

>“乙= matitk('禁區',[5 0.0625 3],雙(四));

圖像輸入型雙重檢測,執行MATITK雙模式

 

正在執行的禁區...

邊境禁區已完成。

我們可以用下面的命令來可視化的過濾結果(圖 2):

imagesc(擠(二(:,:, 15)));

圖 2:可視化樣品圖像 D,在“禁區”的操作。
該操作是在雙數據類型模式。

我們應用ConfidenceConnectedImageFilter到結果過濾的圖像(圖3)。 下面的例子說明了種子點(102,82,25)是作為一個參數:

>> ç = matitk('鱗狀細胞癌',[140 10 255],雙(二),雙([]),[ 102 82 25]);

圖像輸入型雙重檢測,執行MATITK雙模式

 

SCC是正在執行...

鱗狀細胞癌已完成。

圖 3:可視化樣品圖像 D在“禁區”和“長者卡”操作。
(左到右)軸向切,矢狀面和冠狀腦切片。
該操作在雙數據類型模式。

而不是調用“雙”版本ConfidenceConnectedImageFilter,我們可先投b為無符號字符第一。 無符號的字符版本

ConfidenceConnectedImageFilter將被用來作為結果(圖4):

>> ç = matitk('鱗狀細胞癌',[140 10 255],uint8(b)項,uint8 ([]),[ 102 82 25]);

圖像輸入無符號字符類型的檢測,執行無符號字符模式MATITK

 

SCC是正在執行...

鱗狀細胞癌已完成。

圖 4:可視化樣品圖像 D在“禁區”和“長者卡”操作。
該操作在無符號字符數據類型模式。

請注意鑄造可以影響最終的結果。

對於另一個例子,我們應用GradientMagnitudeImageFilter圖像 D型無符號字符(圖5)。 注意無符號字符版本的ITK的方法將被用於:

>>克= matitk('梯度',[], D)部分 ;

圖像輸入無符號字符類型的檢測,執行無符號字符模式MATITK

 

切割,是因為執行...

功能梯度材料已完成。

圖 5:可視化樣品圖像 D,在“梯度”操作。
(左到右)軸,矢狀面和冠狀腦切片。
該操作在雙數據類型模式。

MATITK還支持接收多個輸出從 ITK的方法。 所產生的圖像援引OtsuMultipleThresholdImageFilter將存儲在變量O1群,O2臭氧 (圖6):

[O1群,02,03] = matitk('fomt',[3128],D)的 ;

圖像輸入無符號字符類型的檢測,執行無符號字符模式MATITK

 

fomt正在執行...

fomt已完成。

圖 6:3個輸出的可視化“FOMT”操作。

圖 7:甲片的立方體前(左)後(右)申請薄板樣條整經(“RTPS”)的運作。

為了說明如何使用可應用於翹曲 MATITK,考慮翹曲一個立方體按照以下地標:

來源

目標

x

Ÿ

ž

x

Ÿ

ž

10

10

10

12

12

13

10

10

20

11

13

22

10

20

10

12

23

11

10

20

20

12

21

21

20

10

10

20

11

12

20

10

20

22

10

23

20

20

10

20

21

11

20

20

20

20

23

21

源地標對應邊的立方體,和目標地標隨機生成的對應點接近原始的邊緣。

阿=零(30,30,30);

甲(10:20,10:20,10:20)= 1;

輸出= matitk('rtps ',[],甲,甲,[10 10 10 12 12 13 10 10 20 11 13 22 10 20 10 12 23 11 10 20 20 12 21 21 20 10 10 20 11 12 20 10 20 22 10 23 20 20 10 20 21 11 20 20 20 20 23 21]);

圖像輸入型雙重檢測,執行MATITK雙模式

 

rtps正在執行...

rtps已完成。

 

執行的結果顯示(圖 7)。

可用的操作碼

從版本2.4.04發布 2006年8月24日,下表列出了可用的操作。

操作碼

方法

FAAB

AntiAlias​​BinaryImageFilter

FBB

BinomialBlurImageFilter

FBD中

BinaryDilateFilter

熔結環氧

BinaryErodeFilter

FBL的

BilateralFilter

FBT的

BinaryThresholdImageFilter

邊境禁區

CurvatureAnsioFilter

自由現金流

CurvatureFlowFilter

金融衍生工具

Derivati​​veImageFilter

葡萄糖

DiscreteGaussianImageFilter

頻分复用

DanielssonDistanceMapImageFilter

FDMV

DanielssonDistanceMapImageFilterGetVoronoiMap

法郎

FlipImageFilter

FFFT

FFTImageFilter

FGA的

GaussianFilter

FGAD

GradientAnisotropicDiffusionImageFilter

女性生殖器切割

GradientMagnitudeFilter

FGMRG

GradientMagnitudeRecursiveGaussianImageFilter

功能梯度材料

GradientMagnitudeWithSmoothi​​ngFilter

財務和後勤系統

LaplacianRecursiveGaussianImageFilter

FMEAN

MeanImageFilter

FMEDIAN

MedianImageFilter

FMMCF

MinMaxCurvatureFlowFilter

FOMT

OtsuMultipleThresholdImageFilter

FSN的

SigmoidNonlinearMappingFilter

FVBIH

VotingBinaryIterativeHoleFillingImageFilter

FVMI

VesselnessMeasureImageFilter

聯邦德國

RecursiveGaussianImageFilter

下面的分割功能的實現:

操作碼

方法

鱗狀細胞癌

ConfidenceConnectedSegmentation

能力標準說明

CellularSegmentationSegmentation(調試)

螺旋CT

ConnectedThresholdSegmentation

可持續森林管理

FastMarchSegmentation

諮詢理事會

GeodesicActiveContourLevelSetSegmentation

碳化矽

IsolatedConnectedSegmentation

SLLS

LaplacianLevelSetLevelSetSegmentation

民委

NeighbourhoodConnectedSegmentation

採用 SOT

OtsuThresholdSegmentation

SSDLS

ShapeDetectionLevelSetFilter

申萬

WatershedSegmentation

下列註冊功能的實現:

操作碼

方法

registerDemon

RTPS

registerThinPlateSpline

對於文檔的每個方法,只需類型及其相應的操作碼在MATITK提示。

matitk('rtps')將提供:

rtps正在執行 ...

***********開始描述registerThinPlateSpline(rtps )***********

ThinPlateSplineKernelTransform

這個類定義了薄板樣條(TPS)的轉化。

它作為實現盡可能簡單的方式,從

TMI的文件的IEEE戴維斯,Khotanzad,Flamig和危害,

第一卷。 16號 1997年6月3日

變換

***************************完描述********************* ******

您必須提供此功能的參數數組中的元素與順序如下:

0參數必須提供。 您提供的0。

??? 正確數量的參數必須提供。 至少有一個形象的供應量已到。

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