
文森特楚,加桑Hamarneh
西門菲沙大學,不列顛哥倫比亞省,加拿大。
本文件只包括使用的MATITK。 如需更多資訊有關MATITK項目,請訪問官方SFU的項目頁 。
用法
若要使用包裝,MATLAB的必須能夠找到matitk.dll * 。 這通常意味著當前工作目錄的MATLAB應設置的位置matitk.dll。 複製 matitk.dll到所需位置,啟動 MATLAB和MATLAB的搜索路徑設置或改變當前目錄到該 DLL的位置。
有關幫助信息,鍵入matitk ('?')在MATLAB的命令窗口。
要列出濾波,分割和登記辦法實施MATITK,鍵入matitk(f的),matitk('s'的)和matitk(為'r') **分別。 操作碼列出用於調用 MATITK方法。
在MATLAB中,呼籲 MATITK方法一般會採取以下格式:
matitk(operationName,[參數],[inputArray1],[inputArray2],[種子(s)陣列],[圖片(s)間距])
圖例:
- 第一個參數matitk,operationName,指定操作碼的實施ITK的方法被調用。
- matitk的第二個參數, 參數 ,指定所需參數的ITK的方法將被調用(指定operationName)。 為了找出什麼參數都需要一個特定的方法,類型matitk(operationName);
- 第三個和第四個參數matitk,inputArray1和inputArray2,指定輸入圖像的音量。 他們必須是三維及包含雙,浮法,無符號字符或符號整數數據類型的元素。 在的情況下第二個影像量並不需要被調用的方法,提供[]作為第四個參數。
- 第五個參數seedsArray參數指定種子點(在MATLAB的坐標系)按下列順序:[× 1,Ÿ 1和Z 1,× 2,Y 2的和Z 2,...,x n的, 是否和Z n]的 。 因為它是三維的,有多少元素應該是一個多seedsArray三。 在播種的情況下並不需要被調用的方法,提供[]作為第五個參數。
- 最後一個可選參數指定間距提供的圖片體積。 其性能一定ITK的方法可能會受到的間距。 如果這個參數被省略,各向同性間距[1,1,1]是假定的。
範例
為了演示功能的MATITK,我們首先加載示例內置 3D腦 MRI圖像從 MATLAB。 加載的圖像將自動存儲在變量 D。
>>負荷磁共振成像;
>> Ð =擠壓(D)部分;
我們可以用下面的命令來形象化軸向腦片(圖 1):
插曲(131); imagesc(擠(丁(:,:,輪(完/ 2 ))));軸形象;顏色表灰色
插曲(132); imagesc(擠(D類(:,圓(完/ 2 ),:)));顏色表灰色
插曲(133); imagesc(擠(D類(圓(完/ 2 ),:,:)));顏色表灰色
集(GCF的,'位置',[364 628 743 320])

圖 1:(左到右)想像一個軸,矢狀和冠狀腦片的樣品圖像四
數據類型加載的圖像是unsigned char。 因此,我們希望使用雙數據類型版本MATITK,我們首先轉換的輸入使用雙(丁)。matitk(f的)調用顯示列表執行的過濾方法及相應的操作碼。
邊境禁區是操作碼為CurvatureAnisotropicDiffusionImageFilter
數據類型加載的圖像是unsigned char。 因此,我們希望使用雙數據類型版本MATITK,我們首先轉換的輸入使用雙(丁)。matitk(f的)調用顯示列表執行的過濾方法及相應的操作碼。
邊境禁區是操作碼為CurvatureAnisotropicDiffusionImageFilter。matitk('禁區')可以用來列出需要使用的參數
CurvatureAnisotropicDiffusionImageFilter(即numberOfIterations,時間步長和電 導)。 對於這個例子中,我們選擇了我們的論點是5,分別為 0.0625和3個這樣的順序,並提供參數作為一個數組:
|
>“乙= matitk('禁區',[5 0.0625 3],雙(四)); 圖像輸入型雙重檢測,執行MATITK雙模式
正在執行的禁區... 邊境禁區已完成。 |
我們可以用下面的命令來可視化的過濾結果(圖 2):
imagesc(擠(二(:,:, 15)));

圖 2:可視化樣品圖像 D,在“禁區”的操作。
該操作是在雙數據類型模式。
我們應用ConfidenceConnectedImageFilter到結果過濾的圖像(圖3)。 下面的例子說明了種子點(102,82,25)是作為一個參數:
>> ç = matitk('鱗狀細胞癌',[140 10 255],雙(二),雙([]),[ 102 82 25]);
圖像輸入型雙重檢測,執行MATITK雙模式
SCC是正在執行...
鱗狀細胞癌已完成。

圖 3:可視化樣品圖像 D在“禁區”和“長者卡”操作。
(左到右)軸向切,矢狀面和冠狀腦切片。
該操作在雙數據類型模式。
而不是調用“雙”版本ConfidenceConnectedImageFilter,我們可先投b為無符號字符第一。 無符號的字符版本
ConfidenceConnectedImageFilter將被用來作為結果(圖4):
>> ç = matitk('鱗狀細胞癌',[140 10 255],uint8(b)項,uint8 ([]),[ 102 82 25]);
圖像輸入無符號字符類型的檢測,執行無符號字符模式MATITK
SCC是正在執行...
鱗狀細胞癌已完成。

圖 4:可視化樣品圖像 D在“禁區”和“長者卡”操作。
該操作在無符號字符數據類型模式。
請注意鑄造可以影響最終的結果。
對於另一個例子,我們應用GradientMagnitudeImageFilter原圖像 D型無符號字符(圖5)。 注意無符號字符版本的ITK的方法將被用於:
|
>>克= matitk('梯度',[], D)部分 ; 圖像輸入無符號字符類型的檢測,執行無符號字符模式MATITK
切割,是因為執行... 功能梯度材料已完成。 |

圖 5:可視化樣品圖像 D,在“梯度”操作。
(左到右)軸,矢狀面和冠狀腦切片。
該操作在雙數據類型模式。
MATITK還支持接收多個輸出從 ITK的方法。 所產生的圖像援引OtsuMultipleThresholdImageFilter將存儲在變量O1群,O2和臭氧 (圖6):
[O1群,02,03] = matitk('fomt',[3128],D)的 ;
圖像輸入無符號字符類型的檢測,執行無符號字符模式MATITK
fomt正在執行...
fomt已完成。



圖 6:3個輸出的可視化“FOMT”操作。

圖 7:甲片的立方體前(左)後(右)申請薄板樣條整經(“RTPS”)的運作。
為了說明如何使用可應用於翹曲 MATITK,考慮翹曲一個立方體按照以下地標:
|
來源 |
目標 | ||||
|
x |
Ÿ |
ž |
x |
Ÿ |
ž |
|
10 |
10 |
10 |
12 |
12 |
13 |
|
10 |
10 |
20 |
11 |
13 |
22 |
|
10 |
20 |
10 |
12 |
23 |
11 |
|
10 |
20 |
20 |
12 |
21 |
21 |
|
20 |
10 |
10 |
20 |
11 |
12 |
|
20 |
10 |
20 |
22 |
10 |
23 |
|
20 |
20 |
10 |
20 |
21 |
11 |
|
20 |
20 |
20 |
20 |
23 |
21 |
源地標對應邊的立方體,和目標地標隨機生成的對應點接近原始的邊緣。
阿=零(30,30,30);
甲(10:20,10:20,10:20)= 1;
輸出= matitk('rtps ',[],甲,甲,[10 10 10 12 12 13 10 10 20 11 13 22 10 20 10 12 23 11 10 20 20 12 21 21 20 10 10 20 11 12 20 10 20 22 10 23 20 20 10 20 21 11 20 20 20 20 23 21]);
圖像輸入型雙重檢測,執行MATITK雙模式
rtps正在執行...
rtps已完成。
執行的結果顯示(圖 7)。
可用的操作碼
從版本2.4.04發布 2006年8月24日,下表列出了可用的操作。
|
操作碼 |
方法 |
|
FAAB |
AntiAliasBinaryImageFilter |
|
FBB |
BinomialBlurImageFilter |
|
FBD中 |
BinaryDilateFilter |
|
熔結環氧 |
BinaryErodeFilter |
|
FBL的 |
BilateralFilter |
|
FBT的 |
BinaryThresholdImageFilter |
|
邊境禁區 |
CurvatureAnsioFilter |
|
自由現金流 |
CurvatureFlowFilter |
|
金融衍生工具 |
DerivativeImageFilter |
|
葡萄糖 |
DiscreteGaussianImageFilter |
|
頻分复用 |
DanielssonDistanceMapImageFilter |
|
FDMV |
DanielssonDistanceMapImageFilterGetVoronoiMap |
|
法郎 |
FlipImageFilter |
|
FFFT |
FFTImageFilter |
|
FGA的 |
GaussianFilter |
|
FGAD |
GradientAnisotropicDiffusionImageFilter |
|
女性生殖器切割 |
GradientMagnitudeFilter |
|
FGMRG |
GradientMagnitudeRecursiveGaussianImageFilter |
|
功能梯度材料 |
GradientMagnitudeWithSmoothingFilter |
|
財務和後勤系統 |
LaplacianRecursiveGaussianImageFilter |
|
FMEAN |
MeanImageFilter |
|
FMEDIAN |
MedianImageFilter |
|
FMMCF |
MinMaxCurvatureFlowFilter |
|
FOMT |
OtsuMultipleThresholdImageFilter |
|
FSN的 |
SigmoidNonlinearMappingFilter |
|
FVBIH |
VotingBinaryIterativeHoleFillingImageFilter |
|
FVMI |
VesselnessMeasureImageFilter |
|
聯邦德國 |
RecursiveGaussianImageFilter |
下面的分割功能的實現:
|
操作碼 |
方法 |
|
鱗狀細胞癌 |
ConfidenceConnectedSegmentation |
|
能力標準說明 |
CellularSegmentationSegmentation(調試) |
|
螺旋CT |
ConnectedThresholdSegmentation |
|
可持續森林管理 |
FastMarchSegmentation |
|
諮詢理事會 |
GeodesicActiveContourLevelSetSegmentation |
|
碳化矽 |
IsolatedConnectedSegmentation |
|
SLLS |
LaplacianLevelSetLevelSetSegmentation |
|
民委 |
NeighbourhoodConnectedSegmentation |
|
採用 SOT |
OtsuThresholdSegmentation |
|
SSDLS |
ShapeDetectionLevelSetFilter |
|
申萬 |
WatershedSegmentation |
下列註冊功能的實現:
|
操作碼 |
方法 |
|
路 |
registerDemon |
|
RTPS |
registerThinPlateSpline |
對於文檔的每個方法,只需類型及其相應的操作碼在MATITK提示。
如matitk('rtps')將提供:
rtps正在執行 ...
***********開始描述registerThinPlateSpline(rtps )***********
ThinPlateSplineKernelTransform
這個類定義了薄板樣條(TPS)的轉化。
它作為實現盡可能簡單的方式,從
TMI的文件的IEEE戴維斯,Khotanzad,Flamig和危害,
第一卷。 16號 1997年6月3日
變換
***************************完描述********************* ******
您必須提供此功能的參數數組中的元素與順序如下:
0參數必須提供。 您提供的0。
??? 正確數量的參數必須提供。 至少有一個形象的供應量已到。